马来语和印尼语之间的差别，可以类比为英式英语()和美式英语()之间的差别。使用这两种语言的人基本上是可以彼此沟通的，只是在书写系统的拼音和语汇上有一些差异。造成这种差别的主要原因，是由於印尼语从爪哇语和荷兰语中借用了不少词汇。比如说，马来语中的「邮局()」是「 pos」，但是印尼语中的「邮局」则是「」，这是借用「」这个荷兰语 ---荷兰语中的「办公室()」--- 而产生的词汇。
书写系统
在20世纪以前，由於多数的马来人都信奉伊斯兰教，所以他们是使用一种叫做「Jawi」的改良式阿拉伯字母书写系统来进行书写的。之後，另外一种叫做「Rumi」的罗马字母书写系统，则逐渐在日常生活中取代了「Jawi」原本的地位。马来西亚和印尼在书写系统上的差别，其实正反映了当时统治两地的不同殖民政府--- 英国殖民政府和荷属东印度公司 --- 在书写系统上的差别。
在印尼语中，英文字「moon」中的母音，是遵循荷兰语的习惯而写成「oe」。在日本佔领印尼的时候，这个母音又被日本殖民政府改为「u」(因此，印尼第一任总统苏卡诺的名字，也从被改为)。同样地，在1972年以前，英语「chin」中的子音印尼语言日常用语，虽然在马来语中是用「ch」来表示，但是在印尼语中，则是遵循荷兰语的习惯而书写成「tj」。所以，「孙子」在马来语中的写法是「」，但是在印尼语中的写法却是「」。
这种情况一直到了1972年才有所改变。由於印尼「Ejaan (精确拼音；)」的公佈，马来语和印尼语中书写系统的这些差异才有了缩小的迹象。比如说，在这之後，马来语的「ch」和印尼语的「tj」，都一律改成「c」，因此「孙子」就变成了「cucu」。此外，印尼语也不再使用「dj」，而是使用马来语中已经採用的「j」，因此，雅加达的拼法，就从「」变成了「」。原本在印尼语中被保留来发半母音的「j」(即英语「young」的第一个发音)印尼语言日常用语，也由马来语中的「y」所取代。
虽然马来语和印尼语在书写系统上已经几乎获得了统一，然而，由於某些歷史上的原因，这两种语言的某些词汇还是有差异。比如说，「钱」在马来语中是写成「wang」，但是在印尼语中则是写成「uang」。
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